داستان کارتون لاک پشت های نینجا جهش یافته نوجوان: آشوب جهش یافته، درباره چهار برادر لاک پشت است که زندگی خود را صرف یادگیری نینجوتسو کرده اند است و پس از سالها پناه گرفتن از دنیای انسانها در فاضلاب های شهر نیویورک، راهی سطح میشوند تا به عنوان نوجوانان عادی پذیرفته شوند. دوست جدیدشان اپریل اونیل به آنها کمک میکند تا با یک سندیکای جنایتکارانه و ارتشی از جهش یافته ها مقابله کنند.